Προσδιορισμός και ανάλυση ολικών μιτοχονδριακών γονιδιωμάτων από αντιπρόσωπους φιδιών της ελληνικής ερπετοπανίδας
Loading...
Date
2026-07-07
Authors
Δαουλτζής, Ιωάννης
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Η παρούσα εργασία εξετάζει τη φυλογένεση των φιδιών με έμφαση στα Caenophidia, αξιοποιώντας ολικά μιτοχονδριακά γονιδιώματα και συμπεριλαμβάνονταςαντιπροσώπους της ελληνικής ερπετοπανίδας. Κεντρικός στόχος ήταν η παραγωγή νέων μιτογονιδιωματικών δεδομένων για γένη ελληνικών φιδιών που δενεκπροσωπούνταν επαρκώς στη διαθέσιμη βιβλιογραφία, καθώς και η κατασκευή μίας επικαιροποιημένης φυλογένεσης σε επίπεδο γενών, με μηδενικά ελλιπή δεδομένα για τα επιλεγμένα μιτοχονδριακά γονίδια.Για τον σκοπό αυτό αναλύθηκαν εννέα είδη της ελληνικής ερπετοπανίδας, τα οποία αντιπροσώπευαν ισάριθμα γένη: Zamenis longissimus, Malpolon insignitus, Elaphe quatuorlineata, Hierophis gemonensis, Telescopus fallax, Dolichophis caspius, Coronella austriaca, Natrix tessellata και Platyceps najadum. Η επεξεργασία των δεδομένων περιέλαβε ποιοτικό έλεγχο των αλληλουχιών, de novo συναρμολόγηση των μιτογονιδιωμάτων, χαρακτηρισμό των γονιδίων και επιβεβαίωση των tRNAs με εξειδικευμένα λογισμικά. Στη συνέχεια, τα νέα δεδομένα συνδυάστηκαν με διαθέσιμες αλληλουχίες από τη GenBank και πραγματοποιήθηκαν φυλογενετικές αναλύσεις με δύο πιθανοθεωρητικές προσεγγίσεις, τη Μπεϋζιανή Συμπερασματολογία (Bayesian Inference) και τη Μέγιστη Πιθανοφάνεια (Maximum Likelihood), με βάση τα 13 πρωτεϊνικά γονίδια και τα δύο rRNA του μιτοχονδριακού DNA.Τα αποτελέσματα οδήγησαν στην παραγωγή εννέα νέων ολικών μιτοχονδριακών γονιδιωμάτων, μήκους περίπου 16,8–18,8 kb. Τα περισσότερα εμφάνισαν την τυπική οργάνωση των ανώτερων φιδιών, με 13 PCGs (protein coding genes, γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες), 22 tRNAs (transfer RNAs, μεταφορικά RNAs), 2 rRNAs (ribosomal RNAs, ριβοσωμικά RNAs) , δύο Control Regions (περιοχές ελέγχου) και το OriL (origin of the light strand replication, θέση έναρξης αντιγραφής της ελαφράς αλυσίδας) ενώ σε ορισμένες περιπτώσεις καταγράφηκαν ιδιαιτερότητες, όπως παρουσία pseudo-trnP (pseudogene, non-functional, mutated copy of tRNA-Pro, ψευδογονίδιο, μη λειτουργικό μεταφορικό RNA προλίνης) ή απουσία λειτουργικού tRNA-Pro (proline transfer RNA, μεταφορικό RNA προλίνης).Τα φυλογενετικά δέντρα που προέκυψαν από τις δύο αναλύσεις ήταν σε γενικές γραμμές συνεπή μεταξύ τους και ανέκτησαν με σαφήνεια τις κύριες εξελικτικές γραμμές των φιδιών, καθώς και μονοφυλετικές τις περισσότερες οικογένειες που εξετάστηκαν. Ωστόσο, παρά την υψηλή υποστήριξη σε αρκετούς βαθύτερους κόμβους, παρέμειναν ασάφειες σε επιμέρους εσωτερικές σχέσεις, κυρίως εντός των Colubridae και ευρύτερα των Colubroidea. Έτσι, η εργασία δείχνει ότι ακόμη και πλήρη μιτογονιδιώματα με μηδενικά missing data δεν αρκούν από μόνα τους για την πλήρη επίλυση όλων των φυλογενετικών σχέσεων των Caenophidia.Συνολικά, η μελέτη συμβάλλει ουσιαστικά στη μοριακή φυλογένεση των φιδιών, εμπλουτίζοντας τη διαθέσιμη βάση δεδομένων με νέα μιτογονιδιώματα ελληνικών ειδών και προσφέροντας ένα ευρύτερο ταξινομικό πλαίσιο για τη θέση τους μέσα στους Caenophidia. Παράλληλα, αναδεικνύει την ανάγκη συνδυασμού μιτοχονδριακών, πυρηνικών, μορφολογικών και παλαιοντολογικών δεδομένων για πιο σταθερή και ολοκληρωμένη κατανόηση της εξελικτικής ιστορίας των φιδιών.
Description
Keywords
Φυλογένεση, Μιτοχρονδριακό γονδίωμα, Ανώτερα φίδια, Ελληνική ερπετοπανίδα