Ανάλυση δεδομένων καρκινικών γονιδιωμάτων με στόχο τη συσχέτιση της έκφρασης των παραγόντων αδειοδότησης Cdt1 και Cdc6 με την ύπαρξη εξτραχρωμοσωμικού DNA
Loading...
Date
2024-10-23
Authors
Γκουντενούδη, Βασιλική
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Η εργασία αναφέρεται στον καρκίνο και πιο συγκεκριμένα στην ανάλυση γονιδιωματικών δεδομένων. Ένα ογκογονίδιο είναι εκείνο το γονίδιο, η λειτουργία του οποίου ενεργοποιείται στον καρκίνο. Ένας από τους μηχανισμούς μέσω των οποίων προκύπτει αυτή η ενεργοποίηση είναι η αύξηση του αριθμού των αντιγράφων συγκεκριμένων γενετικών τόπων. Έτσι λοιπόν αυτές οι αλλαγές στο γενετικό υλικό επάγουν την κακοήθη εξαλλαγή και την ανθεκτικότητα στη θεραπεία. Μια επιστημονική εργασία [Kim, H., Nguyen, N. P., Turner, K., Wu, S., Gujar, A. D., Luebeck, J., ... & Verhaak, R. G. (2020). Extrachromosomal DNA is associated with oncogene amplification and poor outcome across multiple cancers. Nature genetics, 52(9), 891-897.] εφάρμοσε έναν αλγόριθμο που επέτρεπε να γίνει κατατάξη στους καρκίνους, σε αυτούς οι οποίοι έχουν παραπάνω αντίγραφα εξτρα- χρωμοσωμικά, δηλαδή όχι ενσωματωμένα στα χρωμοσώματα τους και στα δείγματα που δεν έχουν παραπάνω αντίγραφα. Η μελέτη έδειξε ότι αυτά τα κομμάτια συχνά περιλαμβάνουν ογκογονίδια και επίσης ότι οι όγκοι οι οποίοι έχουν εξτρα- χρωμοσωμικό DNA έχουν χειρότερη πρόγνωση σε σχέση με τους άλλους όγκους. Η ύπαρξη αυτού του εξτρα-χρωμοσωμικού DNA είναι σημαντική τόσο για την κατανόηση του μηχανισμού εμφάνισης του καρκίνου όσο και για την πρόγνωση και διαχείριση των ασθενών. Δεν είναι όμως γνωστοί οι μηχανισμοί μέσω των οποίων δημιουργείται το εξτρα- χρωμοσωμικό DNA. Ένας μηχανισμός που έχει προταθεί σχετίζεται με 2 παράγοντες, τα γονίδια CDT1 και CDC6 τα οποία εξασφαλίζουν ότι το DNA θα αντιγραφεί μόνο
μια φορά σε κάθε κυτταρικό κύκλο. Όταν αυτοί βρίσκονται σε υψηλά επίπεδα έκφρασης το DNA αντιγράφεται περισσότερες φορές και αυτό είναι δυνατό να επάγει
την αύξηση αριθμού αντιγράφων. Η δική μας έρευνα αφορά τον έλεγχο κατά πόσον υπάρχει μια συσχέτιση μεταξύ των όγκων οι οποίοι έχουν εξτρα-χρωμοσωμικό DNA
και των επιπέδων έκφρασης αυτών των δύο παραγόντων, διότι αυτό αποτελεί ένδειξη ότι τα υψηλά επίπεδα έκφρασης μπορεί να επάγουν αυτό τον τύπο της γονιδιωματικής αλλαγής. Για το σκοπό αυτό θα αντλήσουμε από την cbioportal για πολλούς διαφορετικούς όγκους διαφορετικής προέλευσης τα mRNA επίπεδα έκφρασης των δύο παραγόντων
και με βάση την κατάταξη που έχει κάνει αυτή η επιστημονική εργασία για τον κάθε όγκο (αν έχει εξτρα-χρωμοσωμικό DNA και τι μορφής) θα συσχετίσουμε τα δύο
σύνολα δεδομένων για να φτιάξουμε ενα καινούργιο που θα περιέχει όλους τους παράγοντες που θέλουμε να εξετασουμε.
Description
Keywords
Γονιδιακή έκφραση, Έξτρα χρωμοσωμικό DNA