Διαδικτυακό εργαλείο για την οπτικοποίηση και ανάλυση βιολογικών γράφων μεγάλου όγκου
| dc.contributor.advisor | Μακρής, Χρήστος | |
| dc.contributor.author | Μανδράκη, Δήμητρα | |
| dc.contributor.committee | Μακρής, Χρήστος | |
| dc.contributor.committee | Τσακαλίδης, Αθανάσιος | |
| dc.contributor.committee | Παυλίδης, Γεώργιος | |
| dc.contributor.other | Mandraki, Dimitra | |
| dc.date.accessioned | 2019-11-30T08:42:05Z | |
| dc.date.available | 2019-11-30T08:42:05Z | |
| dc.date.copyright | 2018-09 | |
| dc.degree | Μεταπτυχιακή Εργασία | el |
| dc.description.abstract | Ένας από τους κεντρικούς επιστημονικούς άξονες της Βιοπληροφορικής αποτελεί στη σημερινή εποχή η Συστημική Βιολογία (Systems Biology) και οι προεκτάσεις της. Η Βιολογία Συστημάτων ενσωματώνει βιολογική πληροφορία πολλαπλών επιπέδων, από το DNA μέχρι πληθυσμούς, σε μοντέλα τα οποία μπορούν να περιγράψουν τις υποκείμενες βιολογικές διεργασίες. Έτσι, αποτελεί μια ολιστική προσέγγιση η οποία άρχισε να κερδίζει έδαφος μετά την ολοκλήρωση του ‘Human Genome Project’, το οποίο έκανε εμφανές ότι η Βιολογία είναι Επιστήμη Πληροφορίας. Συγκεκριμένα, συναντάται έντονο ερευνητικό ενδιαφέρον στην εύρεση «υπογράφων» οι οποίοι διαταράσσονται (perturbed subgraphs) κατά τη μελέτη της γονιδιακής έκφρασης διαφόρων τύπων ασθενειών. Οι συγκεκριμένοι υπογράφοι συνήθως θεωρούνται ως «υποψήφιοι βιοδείκτες ασθενειών» (potential disease biomarkers). Σκοπός της παρούσας εργασίας είναι η δημιουργία ενός διαδικτυακού εργαλείου, μέσω του εργαλείου Rshiny, η οποία υλοποιεί και οπτικοποιεί τα αποτελέσματα ενός εργαλείου το οποίο εντοπίζει σημαντικά εμπλουτισμένα και miRNA – ρυθμιζόμενα υπομονοπάτια από χάρτες σηματοδοτικών μονοπατιών KEGG ενσωματώνοντας χρονοσειρές γονιδιακής έκφρασης mRNA / miRNA με mRNA / miRNA αλληλεπιδράσεις. | el |
| dc.description.translatedabstract | A today’s essential and critical scientific sector of Bioinformatics is Systems Biology and its extentions. In particular, there is considerable research interest in finding "perturbed subgraphs" in the study of gene expression of various types of diseases. These subgraphs are usually considered as "potential disease biomarkers". Main purpose of our thesis is to implement the DEsubs algorithm (Vrahatis et al., 2016) through the help of rshiny tool. The Desubs algorithm performs mining of biological sub –networks perturbed by a disease under study. Rshiny (http://shiny.rstudio.com/) is a web – based application framework for R language, which will model, visualize and perform many kinds of qualitative analysis on biological networks (signaling, metabolic, etc.). Finally, in our implementation we will end with the presentation of a user – friendly web tool (Sales et al., 2013), which will provide many options for visualizing our final results. | el |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10889/12851 | |
| dc.language.iso | gr | el |
| dc.rights | 12 | el |
| dc.subject | Συστημική βιολογία | el |
| dc.subject | Αλγόριθμος DEsubs | el |
| dc.subject | Βιολογικοί γράφοι | el |
| dc.subject | Βιοδείκτες ασθενειών | el |
| dc.subject | Διαταραγμένοι υπογράφοι | el |
| dc.subject | Εργαλείο Rshiny | el |
| dc.subject.alternative | Systemic biology | el |
| dc.subject.alternative | Perturbed subgraphs | el |
| dc.subject.alternative | Biological graphs | el |
| dc.subject.alternative | Disease biomarkers | el |
| dc.subject.alternative | DEsubs algorithm | el |
| dc.subject.alternative | Rshiny tool | el |
| dc.subject.ddc | 572.380 285 | el |
| dc.title | Διαδικτυακό εργαλείο για την οπτικοποίηση και ανάλυση βιολογικών γράφων μεγάλου όγκου | el |
| dc.title.alternative | Web-based tool for effective visualization and analysis of big data biological graphs | el |
| dc.type | Thesis | el |