Γονιδιωματική ανάλυση ασθενών β-θαλασσαιμίας και ανίχνευση της ανεπάρκειας ομόλογου ανασυνδυασμού (HRD) σε ασθενείς με καρκίνο μαστού ή ωοθηκών μέσω χρήσης φαινοτυπικών βιοδεικτών και τεχνολογιών υψηλής απόδοσης
Loading...
Date
2023-12-18
Authors
Μαυρομάτης, Σωτήριος
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Η μοριακή διάγνωση των γενετικών νοσημάτων θεωρείται αναγκαία στα πλαίσια
κλινικής διαχείρισης των ασθενών, καθώς η γενετική πληροφορία που παρέχεται είναι
σημαντική για την πρόγνωση, την πρόβλεψη, καθώς και την θεραπεία ενός νοσήματος.
Στην παρούσα διπλωματική εργασία επικεντρωθήκαμε στην μοριακή διάγνωση της β-θαλασσαιμίας και του οικογενή καρκίνου μαστού και ωοθηκών. Πιο συγκεκριμένα,
αναφορικά με την β-θαλασσαιμία, σχεδιάσαμε ένα πρωτόκολλο, κατά το οποίο
πραγματοποιήθηκε αρχικά η ενίσχυση όλων των εξονικών, μέρος των ιντρονικών και
ρυθμιστικών περιοχών του γονιδίου β-σφαιρίνης, οι οποίες αποτελούν εστίες παθογόνων
παραλλαγών και στην συνέχεια ακολούθησε η αλληλούχηση αυτών κατά Sanger.
Επιπλέον, το πρωτόκολλο περιλάμβανε την ανάλυση των δεδομένων αλληλούχησης, με
σκοπό να εντοπιστούν και να σχολιαστούν όλες οι γενετικές παραλλαγές για κάθε
ασθενή, βάσει της κλινικής τους σημαντικότητας. Έτσι, αναλύθηκαν συνολικά 34
ασθενείς, εκ των οποίων 9 βρέθηκαν ομόζυγοι, 19 σύνθετοι ετερυζυγώτες και 3 φορείς.
Οι παθογόνες παραλλαγές που βρέθηκαν με την μεγαλύτερη συχνότητα ήταν, c.93-
21G>A (IVSI-110) με VAF 0.27, c.118C>T (Cd39) με VAF 0.21 και c.92+6T>C (IVSI-6) με
VAF 0.13, ενώ αξίζει να αναφερθεί πως οι συχνότητες των αλληλομόρφων
ακολουθούσαν το μοτίβο των αναμενόμενων συχνοτήτων για τον ελληνικό πληθυσμό
βάσει προηγούμενων μελετών. Στην συνέχεια, επιχειρήσαμε να ανιχνεύσουμε την
ανεπάρκεια του ομόλογου ανασυνδυασμού, καθώς η διάγνωση του είναι απαραίτητη για
την εφαρμογή της θεραπείας PARPi σε διάφορους τύπου καρκίνου, όπως μαστού ή
ωοθηκών. Για τον σκοπό αυτό, πραγματοποιήθηκε στοχευμένη αλληλούχηση 28
γονιδίων σχετικών με τον ομόλογο ανασυνδυασμό σε εφτά ασθενείς με καρκίνο μαστού,
ώστε να εντοπιστούν παθογόνες παραλλαγές γαμετικής σειράς. Τα γονίδια όπου
βρέθηκαν οι παραλλαγές ήταν BRCA1, BRCA2, ATM και CHEK2, τα οποία, δεδομένου
του κρίσιμου ρόλου τους στο μονοπάτι, επάγουν την ανεπάρκεια του μηχανισμού στους
ασθενείς. Παράλληλα, προσπαθήσαμε να ανιχνεύσουμε την λειτουργικότητα του
ομόλογου ανασυνδυασμού βάσει της έκφρασης ενός καθοδικού παράγοντα του
μονοπατιού, του RAD51 σε βιοψίες τριών ασθενών με καρκίνο ωοθηκών. Τα
αποτελέσματα των πειραμάτων δεν μπόρεσαν να συσχετίσουν την ανεπάρκεια του
μηχανισμού με την έκφραση του RAD51, λόγω ποιοτικών χαρακτηριστικών των ιστών και
τεχνικών δυσκολιών. Μελλοντικά, η εφαρμογή του πρωτοκόλλου σε περισσότερους
ασθενείς θα συμβάλλει στην καλύτερη αξιολόγησης της αποτελεσματικότητας του, καθώς
και στην συσχέτιση του με την ευαισθησία στην θεραπεία PARPi.
Description
Keywords
β-Θαλασσαιμία, Γενετικά νοσήματα