Διερεύνηση της βάσης βιολογικών δεδομένων COGENT για την πρόσθεση πληροφοριών βιβλιογραφικής ύλης και πληροφοριών νουκλεοτιδικής αλληλουχίας (DNA)
Loading...
Date
2009-10-09T11:25:50Z
Authors
Χριστοπούλου, Δέσποινα
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Σήμερα υπάρχει ελεύθερη πρόσβαση μέσω του internet σε εκατοντάδες δημόσιες βάσεις βιολογικών δεδομένων. Παραταύτα, η προσπάθεια του να εκμεταλλευτεί κάποιος τα αποθηκευμένα δεδομένα ανομοιογενών βάσεων δεδομένων, καταλήγει να αποτελεί μια διαδικασία ιδιαίτερα δύσκολη και χρονοβόρα λόγω ποικίλων αιτιάσεων. Στις αιτίες αυτές συμπεριλαμβάνονται ο χαοτικός όγκος των βιολογικών δεδομένων, ο ολοένα αυξανόμενος αριθμός βιολογικών βάσεων δεδομένων, η υπεραφθονία τύπων και μορφών δεδομένων (format), η ποικιλομορφία βιοπληροφορικών τεχνικών πρόσβασης στα δεδομένα και βέβαια η διαφορετικότητα των βάσεων βιολογικών δεδομένων.
Χάρη στις διεθνείς προσπάθειες ολοκλήρωσης αλληλουχιών (sequencing), οι ομάδες γονιδιακών δεδομένων έχουν αυξηθεί γεωμετρικά την τελευταία δεκαετία. Το έτος 2003 για παράδειγμα, η βάση βιολογικών δεδομένων Genbank διπλασιάστηκε σε μέγεθος μέσα σε 15 μήνες. Με τόσο γρήγορη ανάπτυξη, τα γενωμικά δεδομένα και οι συνδεόμενες με αυτά δομές έχουν αποκτήσει τεράστιο μέγεθος για να χωρέσουν στην κεντρική μνήμη ενός υπολογιστή. Το σημαντικότερο πρόβλημα που ανακύπτει έγκειται στο ότι μεγάλο μέρος της πληροφορίας που αναζητείται μέσα στο τεράστιο και ολοένα αυξανόμενο σε μέγεθος ορυχείο των δεδομένων εν τέλει χάνεται.
Η ανάγκη κατασκευής των κατάλληλων εργαλείων εξ’ όρυξης της ζητούμενης πληροφορίας από το ορυχείο αυτό είναι μονόδρομος.
Η παρούσα διπλωματική εργασία επικεντρώνεται στην διεύρυνση μιας υπάρχουσας βάσης βιολογικών δεδομένων ολοκληρωμένων γονιδιωμάτων, της COGENT. Η COGENT αναπτύχθηκε το 2003 από την Ομάδα Υπολογιστικής Γενωμικής (Computational Genomics Group – CGG), στο Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (European Bioinformatics Institute – EBI), και τελικός τεχνικός στόχος της διπλωματικής εργασίας αποτελεί η προσθήκη βιβλιογραφικών δεδομένων καθώς και νουκλεοτιδικών πληροφοριών αλληλουχίας (DNA) στην βάση COGENT.
Description
Keywords
Βάσεις βιολογικών δεδομένων, Γενωμική