Κατασκευή και σύγκριση δικτύων συν-έκφρασης γονιδίων
Loading...
Date
2026-10-13
Authors
Πανίδου, Άννα
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Η εργασία εξετάζει δίκτυα συν-έκφρασης γονιδίων στο αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα (Lung Adenocarcinoma, LUAD), χρησιμοποιώντας δεδομένα γονιδιακής έκφρασης από αλληλούχιση RNA (RNA sequencing, RNA-seq) του έργου The Cancer Genome Atlas (TCGA) για το LUAD (TCGA-LUAD). Στόχος είναι η σύγκριση των δικτύων φυσιολογικού και καρκινικού ιστού και η διερεύνηση της σταθερότητας των ευρημάτων σε διαφορετικά υποσύνολα καρκινικών δειγμάτων.
Με τη Σταθμισμένη Ανάλυση Δικτύων Συν-έκφρασης Γονιδίων (Weighted Gene Co-expression Network Analysis, WGCNA), κατασκευάστηκε ένα δίκτυο από 59 φυσιολογικά δείγματα και εννέα καρκινικά δίκτυα από μη επικαλυπτόμενα υποσύνολα των 60 δειγμάτων. Συγκρίθηκαν η τοπολογία, οι ενότητες, τα ιδιογονίδια και τα γονίδια-κόμβοι, ενώ αξιολογήθηκαν η διατήρηση των φυσιολογικών ενοτήτων και ο λειτουργικός εμπλουτισμός.
Μετά την εφαρμογή κοινού κατωφλίου ακμών, τα καρκινικά δίκτυα ήταν αραιότερα και είχαν περισσότερες συνδεδεμένες συνιστώσες από το φυσιολογικό. Παρουσίασαν επίσης ασθενέστερες σχέσεις μεταξύ ιδιογονιδίων και περιορισμένη επικάλυψη κορυφαίων γονιδίων-κόμβων. Παρά τις διαφορές αυτές, πολλές φυσιολογικές ενότητες διατηρήθηκαν στα καρκινικά δεδομένα, ενώ δύο ενότητες εμφάνισαν χαμηλό διάμεσο δείκτη διατήρησης.
Επειδή τα καρκινικά υποσύνολα προέρχονται από το ίδιο αρχικό σύνολο δεδομένων, τα ευρήματα χρειάζονται επιβεβαίωση σε ανεξάρτητα δεδομένα πριν τους αποδοθεί συγκεκριμένη βιολογική ή κλινική σημασία.
Description
Keywords
Σταθμισμένη ανάλυση δικτύων συν-έκφρασης γονιδίων, Αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα, Γονιδιακή συν-έκφραση, Δίκτυα γονιδίων, Διατήρηση ενοτήτων, Αλληλούχιση RNA