Μελέτη του μκροβιώματος του καλλιεργούμενου μυδιού (mytilus galloprovincialis) σε παράκτιες ζώνες της Ελλάδας χρησιμοποιώντας τεχνικές αλληλούχησης τρίτης γενιάς
| datacite.contributor.RelatedPerson | Φειδάντσης, Κωνσταντίνος | |
| datacite.contributor.RelatedPerson | Γιάντσης, Ιωάννης | |
| datacite.contributor.Supervisor | Λουκοβίτης, Δημήτριος | |
| dc.contributor.author | Αναστασιάδης, Στυλιανός | |
| dc.contributor.other | Anastasiadis, Stylianos | |
| dc.date.accessioned | 2025-02-21T06:05:51Z | |
| dc.date.available | 2025-02-21T06:05:51Z | |
| dc.date.issued | 2025-02-19 | |
| dc.degree | graduateThesis | |
| dc.description.abstract | Η παρούσα διπλωματική εργασία επικεντρώνεται στη μελέτη του μικροβιώματος του καλλιεργούμενου μυδιού σε παράκτιες ζώνες της Ελλάδας χρησιμοποιώντας τεχνικές αλληλούχησης τρίτης γενιάς. Ο σκοπός της έρευνας είναι να εξετάσει πως επηρεάζεται η υγεία του μυδιού από την παρουσία παθογόνων μικροοργανισμών, τόσο για τον ίδιο τον οργανισμό, όσο και για τον άνθρωπο - καταναλωτή. Στο πρώτο μέρος της μελέτης πραγματοποιείται η βιβλιογραφική ανασκόπηση για τη βιολογία και την καλλιέργεια του είδους Mytilus galloprovincialis. Πιο συγκεκριμένα, αναφέρονται τα γενικά χαρακτηριστικά του μυδιού, οι τρόποι αναπαραγωγής και καλλιέργειας τους. Έπειτα, γίνεται αναφορά στο μικροβίωμα μυδιού, τη σύνθεση, την αλληλεπίδραση του με τον οργανισμό και τις επιδράσεις που δέχεται από το περιβάλλον. Ο Θερμαϊκός Κόλπος, ως σημαντική περιοχή μυδοκαλλιέργειας, αναλύεται τόσο από γεωμορφολογική όσο και από περιβαλλοντική άποψη, με έμφαση στη ρύπανση. Εν συνεχεία, παρουσιάζεται η εξέλιξη των τεχνικών αλληλούχησης του DNA, με έμφαση στις σύγχρονες μεθόδους ανάλυσης του μικροβιώματος, την αλληλουχία του 16S rRNA και τη χρήση της φορητής συσκευής MinION για ανάλυση DNA και RNA σε πραγματικό χρόνο. Στο δεύτερο μέρος της εργασίας περιγράφονται αναλυτικά τα στάδια της δειγματοληψίας, η απομόνωση και η ποσοτική και ποιοτική αξιολόγηση του DNA, καθώς και η βιοπληροφορική ανάλυση των δεδομένων. Παράλληλα, γίνεται αναφορά στις τεχνικές ηλεκτροφόρησης και PCR, που χρησιμοποιήθηκαν για την ενίσχυση και την επιβεβαίωση των γενετικών δεδομένων. Στο τελευταίο μέρος αναλύονται τα αποτελέσματα που αποκαλύπτουν τη σύνθεση του μικροβιώματος των μυδιών και την επίδραση των περιβαλλοντικών συνθηκών στη διαμόρφωσή του. Παρουσιάζεται η ποικιλομορφία των μικροοργανισμών, η ταξινομική τους κατανομή και η παρουσία παθογόνων που μπορεί να επηρεάσει τόσο τα μύδια όσο και την ανθρώπινη υγεία. Τα κύρια ευρήματα της έρευνας που προέκυψαν επιβεβαίωσαν την ύπαρξη παθογόνων μικροοργανισμών. Η παρούσα εργασία αναδεικνύει τη σημασία για περαιτέρω κατανόηση του μικροβιώματος των μυδιών και τη βελτίωση της μυδοκαλλιέργειας στην Ελλάδα. | |
| dc.description.translatedabstract | In the attendance dissertation focuses on the study of the microbiome of the cultivated mussel in coastal areas of Greece using third generation sequencing techniques. The aim of the research is to examine how the health of the mussel is affected by the presence of pathogenic microorganisms, both for the organism itself and for the human consumer. In the first part of the study, a literature review on the biology and culture of Mytilus galloprovincialis is carried out. In particular, the general characteristics of the mussel, their breeding and cultivation methods are mentioned. Then, the mussel microbiome, its composition, its interaction with the organism and the effects of the environment are discussed. The Thermaikos Gulf, as an important mussel cultivation area, is analysed from both a geomorphological and environmental point of view, with emphasis on pollution. Subsequently, the evolution of DNA sequencing techniques is presented, with emphasis on modern methods of microbiome analysis, 16S rRNA sequencing and the use of the portable MinION device for real-time DNA and RNA analysis. The second part of the paper describes in detail the sampling steps, the isolation and the quantitative and qualitative evaluation of the DNA, as well as the bioinformatic analysis of the data. In addition, the electrophoresis and PCR techniques used to amplify and confirm the genetic data are discussed. The last part analyses the results revealing the composition of the mussel microbiome and the influence of environmental conditions on its formation. The diversity of microorganisms, their taxonomic distribution and the presence of pathogens that can affect both mussels and human health are presented. The main findings of the resulting investigation confirmed the existence of pathogenic microorganisms. The present work highlights the importance for further understanding of the mussel microbiome and the improvement of mussel culture in Greece. | |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/10889/28985 | |
| dc.language.iso | el | |
| dc.subject | Τεχνικές αλληλούχησης τρίτης γενιάς | |
| dc.subject | Μύδια | |
| dc.subject.alternative | Mytilus galloprovincialis | |
| dc.subject.alternative | MinION | |
| dc.title | Μελέτη του μκροβιώματος του καλλιεργούμενου μυδιού (mytilus galloprovincialis) σε παράκτιες ζώνες της Ελλάδας χρησιμοποιώντας τεχνικές αλληλούχησης τρίτης γενιάς | |
| dc.title.alternative | Study of the microbiome of the cultured mussel (mytilus galloprovincialis) in coastal areas of Greece using third generation sequencing techniques |
Files
Original bundle
1 - 1 of 1
Loading...
- Name:
- MΕΛΕΤΗ ΤΟΥ ΜΙΚΡΟΒΙΟΜΑΤΟΣ ΤΟΥ ΚΑΛΙΕΡΓΟΥΜΕΝΟΥ ΜΥΔΙΟΥ (Mytilus galloprovincialis) σε παράκτιες ζώνες της Ελλάδας, χρησιμοποιώντας τεχνικές αλληλουχησης Τριτης Γενιας.pdf
- Size:
- 2.07 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
License bundle
1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
- Name:
- license.txt
- Size:
- 5.02 KB
- Format:
- Item-specific license agreed upon to submission
- Description: